医療法人化を行うことの利点は複数ありますが、税制の優遇という側面でのアドバンテージも無視できません。病院あるいはクリニックを法人化しておくことによってさまざまな税制の関係のベネフィットを享受できることになります。こうした税制を対象にしたテーマにつきましては法人化を想定している人のみでなく、もうすでに法人化しているケース状況も詳しくなっておくべきでしょう。まず、税率のシステムの相違によるメリットがあります。
医療法人の種類はいくつかあります。まずは医療法人財団、社団、社会、特定医療法人などです。個人医院の時には、事業所得がそのまま院長の所得となり、それに対して所得税がかかってきます。しかし法人を設立することで、院長のみならず法人経営に関わる親族を役員とし一定の報酬を得ることによって、所得の分散や節税につながります。一方で、事業所得には法人税、法人事業税等が課されることになります。税制面を比較した場合、医療機関の財務バランスによっては、必ずしもメリットが出るわけではなく、個々に判断するしかありません。
職業別電話帳などを見ると「医療法人社団○○クリニック」や「○○診療所」などと法人格が掲載されている病院とそうでないところが散見されます。これは、法人化させた病院と、医師が個人事業主として経営を行っているかという違いがあります。これは税金対策のために講じられているところが大きいとされています。一年で得た診療報酬の総額に応じて経費として差し引くことができる「概算経費」という項目が関係してきます。金額に応じて段階的に概算経費として計上できる率は変わってきますが、2500万円以上5000万円までの間でしかこの概算経費を計上できないという約束事があります。