医療法人の種類はいくつかあります。まずは医療法人財団、社団、社会、特定医療法人などです。個人医院の時には、事業所得がそのまま院長の所得となり、それに対して所得税がかかってきます。しかし法人を設立することで、院長のみならず法人経営に関わる親族を役員とし一定の報酬を得ることによって、所得の分散や節税につながります。一方で、事業所得には法人税、法人事業税等が課されることになります。
税制面を比較した場合、医療機関の財務バランスによっては、必ずしもメリットが出るわけではなく、個々に判断するしかありません。法人人化すべきかは、自院の経営方針や方向性、法人化後の手続きに係わる手間暇とそれにかかるコスト、社会保険料などの納税以外の支出なども検討する必要があります。税制面だけを判断材料にするべきではありません。
目的や税制面での仕組を十分に認識した上でシュミレーションし、総合的に判断することが求められます。税金は様々かかります。法人税の税率は、課税所得に対して一定の税率を適用する「2段階比例税率が適用され、所得800万円以下で法人税率22%、所得800万円以上で一律30%となり税負担を軽減することが可能です。法人事業税を計算する場合、社会保険診療報酬等に係る所得は、課税対象外にされています。消費税計算においては、健康保険法等に基づく療養、医療等としての資産の譲渡等は、非課税になります。これに対し、差額ベッド代、歯科材料差額、初診に係る特別の料金、予約・時間外診察料、等は課税対象となります。